Para los órganos del sistema interamericano la protección y el respeto de los derechos de los pueblos indígenas es un asunto de especial importancia. La Comisión Interamericana en el año 1972 sostuvo que por razones históricas, principios morales y humanitarios, era un compromiso sagrado de los Estados proteger especialmente a los pueblos indígenas. En el año 1990 creó la Relatoría sobre Derechos de los Pueblos Indígenas, con el objeto de brindar atención a los pueblos indígenas de América que se encuentran especialmente expuestos a violaciones de derechos humanos por su situación de vulnerabilidad y de fortalecer, impulsar y sistematizar el trabajo de la propia Comisión Interamericana en el área.

Desde la década de los ochenta la Comisión Interamericana se ha pronunciando en forma sistemática sobre los derechos de los pueblos indígenas en sus informes especiales y a través del sistema casos, en informes de admisibilidad, informes de fondo, informes de solución amistosa, el mecanismo de medidas cautelares, como también a través de demandas y solicitudes de medidas provisionales interpuestas ante la Corte Interamericana.

En este sentido, la Comisión Interamericana ha expresado la necesidad de exigir una especial protección al derecho de los pueblos indígenas sobre sus territorios, porque su goce efectivo implica, no sólo la protección de una unidad económica, sino la protección de los derechos humanos de una colectividad que basa su desarrollo económico, social y cultural en la relación con la tierra. En el Informe sobre la Situación de los Derechos Humanos en Guatemala del año 1993, la Comisión Interamericana expresó:

Desde el punto de vista de los derechos humanos en tanto propiedad de una persona, un pequeño plantío de maíz merece el mismo respeto que una cuenta bancaria o una fábrica moderna.

Los órganos del sistema de protección de los derechos humanos han desarrollado una jurisprudencia progresiva en la que se reconoce los derechos colectivos de los pueblos indígenas.

La importancia que la Comisión otorga a los derechos de los pueblos indígenas se ha traducido en un fortalecimiento de la Relatoría sobre Derechos de los Pueblos Indígenas, obteniéndose significativos logros. Como lo expresó una dirigente indígena: Al sistema interamericano de derechos humanos no sólo los abogados pueden llegar, no sólo los doctores pueden llegar, sino también los pueblos indígenas pueden llegar.