Na etapa de mérito, a CIDH decide se houve ou não violações de direitos humanos no caso analisado. O procedimento da fase de mérito é regulado nos artigos 48 e 50 da Convenção Americana sobre Direitos Humanos e nos artigos 37, 38, 39, 43 e 44 do Regulamento da Comissão. O estágio de mérito culmina com a aprovação de um "relatório de mérito". Se o relatório de mérito concluir que os fatos do caso constituem violações dos direitos humanos, também inclui recomendações ao Estado.
Os relatórios de mérito aprovados não são publicados imediatamente. Quando um relatório sobre o mérito é aprovado em conformidade com o artigo 50 da Convenção Americana sobre Direitos Humanos, ele é confidencial e a Comissão o notifica apenas às partes (Estado e peticionário). Os relatórios substantivos aprovados poderão ser publicados posteriormente, se a Comissão decidir, em conformidade com o artigo 51 (3) da Convenção Americana sobre Direitos Humanos. Os relatórios substantivos publicados nesta página são os correspondentes a casos que não foram enviados à Corte Interamericana de Direitos Humanos, os quais são divulgados na página de casos enviados à Corte Interamericana.